Fondé en 1922 sous le patronage de la Fédération de Gymnastique et Sportive de France, le club omnisports de la Jeanne d'Arc de Carquefou devient une structure officielle en 1928. La section de football voit le jour en septembre 1939.
L'Union Sportive de Carquefou et la Jeanne d'Arc de Carquefou fusionnent et donnent naissance à l'Union Sportive de la Jeanne d'Arc de Carquefou Football
le 8 juillet 1942.
Après une longue période d'anonymat dans les championnats départementaux et régionaux, Carquefou est promu en DH Atlantique en 1993. L'USJA ne s'y éternise pas. Champion de DH Atlantique dès 1994, Carquefou quitte le niveau régional pour évoluer en compétitions nationales.
Troisième du groupe D du CFA2 en 1998, l'USJA est promue en Championnat de France Amateur (CFA) où elle se maintient deux saisons. Nouvelle promotion en CFA en 2004, mais retour en CFA2 après une seule saison.
Lors de la 28ème journée du CFA2 2008-2009, rencontre décisive à domicile contre l'ES Bonchamp (victoire 5 à 1). L'USJA Carquefou Football rejoint alors la CFA pour la saison 2009-2010. En parallèle l'équipe réserve atteint la Division d'Honneur pour la première fois de l'histoire du club. Lors de la première saison en CFA, les Vert & Blanc obtiennent le maintien, puis une quatrième place durant la saison 2010-2011.
En Coupe de France, Carquefou dispute sept fois les trente-deuxièmes de finale (1994, 1997, 1998, 2003, 2008, 2013 et 2014) avant de franchir ce palier en 2008 en atteignant les quarts de finale.
Coupe de France 2008
En 32ème de finale, le club (alors en CFA2) bat le FC Gueugnon (Ligue 2) sur le score de 1-0. Le 3 février 2008, l'USJA se qualifie pour les huitièmes de finale de la Coupe de France en s'imposant face à l'AS Nancy Lorraine (Ligue 1) 2-1 après prolongation. Au tour suivant,, le 19 mars 2008, dans le stade de la Beaujoire garni de 36 883 spectateurs, Carquefou élimine l'Olympique de Marseille (Ligue 1) sur le score de 1-0 avec un unique but à la 7e minute de Papa N'Doye. Son parcours s’arrête Le 16 avril 2008 : le PSG élimine l'USJA, sur le score de 1-0 (but de Pedro Miguel Pauleta).
CFA : Saison 2011 – 2012
(1er au classement)
A l'issue de la dernière journée de Championnat et un match nul contre l'US Concarneau, l'USJA Carquefou Football termine premier et accède ainsi pour la première fois de son histoire au Championnat National.
National : Saison 2012 - 2013 (7ème au classement)
National : Saison 2013 - 2014 (8ème au classement)
Division Honneur : Saison 2014-2015 (3ème au classement)
A l'issue de la saison 2013-14, le Conseil d'Administration a pris la décision de ne pas renouveler le bail de l'équipe 1ère en championnat National, en raison de l'impossibilité de trouver les ressources nécessaires au bon fonctionnement du club à ce niveau. Son équipe Réserve évoluant en DH devient donc l'équipe fanion. Denis Renaud, entraineur emblématique, décide de quitter ses fonctions et Nour Eddin Merzougui devient le nouvel entraineur général.
Division Honneur : Saison 2015-2016 (14ème au classement)
A la mi-saison, Nour Eddin MERZOUGUI est remplacé par Olivier ALLARD en tant qu’entraîneur. A la fin de saison, l’équipe termine dernière du championnat et est reléguée en Division Régionale Supérieure
Palmarès
1994 : Champion de
DH Atlantique
1994 : Champion de
DH Atlantique
2004 : Champion de
CFA2 Groupe G
2009: Champion de
CFA2 Groupe G
2012: Champion de
CFA Groupe D
2015 : Vainqueur
Coupe de Réserves
Bilan saison par saison (Championnat / Coupe de France)
1993-1994
DH Atlantique : 1er
32èmes de finale 0-1 contre le FC Lorient
1994-1995
NAT.3-D (D5) : 7ème
8ème tour 1-2 contre le Châteaubriant
1995-1996
NAT.3-D (D5) : 10ème
Éliminé au tour préliminaire
1996-1997
NAT.3-D (D5) : 8ème
32èmes de Finale 0-1 contre le SM Caen
1997-1998
CFA2-D (D5) : 3ème
32èmes de finale 0-2 contre l'ES Wasquehal
1999-2000
CFA-C (D4) : 13ème
Éliminé au tour préliminaire
2000-2001
CFA-D (D4) : 18ème - descente en CFA2
Éliminé au tour préliminaire
2001-2002
CFA2-G (D5)
Éliminé au tour préliminaire
2002-2003
CFA2-G (D5) : 4ème
32èmes de Finale 1-4 contre Le Mans UC
2003-2004
CFA2-G (D5) : 1er - montée en CFA
Éliminé au tour préliminaire
2004-2005
CFA-D (D4) : 16ème - descente en CFA2
2005-2006
CFA2-G (D5) : 11ème
Éliminé au tour préliminaire
2006-2007
CFA2-F (D5) : 3ème
8ème tour 1-2 contre le Vannes OC
2007-2008
CFA2-G (D5) : 9ème
1/4 finale 0-1 contre le Paris SG
2008-2009
CFA2-H (D5) : 1er - montée en CFA
7ème tour 0-0 (3-4 TAB) contre Luçon Football
2009-2010
CFA-D (D4) : 12ème
6ème tour 2-2 (4-5 TAB) contre Saumur FC
2010-2011
CFA-D (D4) : 4ème
6ème tour 0-1 contre Le Poiré s/Vie
2011-2012
CFA-D (D4) : 1er, montée en National
5ème tour 1-2 contre Luçon VF
2012-2013
National (D3) : 7ème
32èmes de finale 0-1 contre Stade Bordelais
2013-2014
National (D3) : 8ème
32èmes de finale 0-2 contre FC Sète
2014-2015
DH Atlantique (D6) : 3ème
7ème tour 1-1 (1-4 TAB) contre Fougères
2015-2016
DH Atlantique (D6) :14ème - Descente en Division Régionale Supérieure
Eliminé au 3ème tour
2016-2017
Division Régionale Supérieure (D7) :4ème -
Eliminé au 4ème tour
U19 Elite : champions et éligibles à la montée en U19 Nation, réfusée par le Club
2017-2018
Division Régionale Supérieure (D7) .6ème -
Eliminé au 3ème tour
